Зависимость русской церкви от Константинополя должна была прекратиться, когда, с одной стороны, разрушением византийской империи был положен конец существованию византийской императорской власти, а с другой стороны, было подготовлено взаимодействием разнообразных исторических причин усиление власти московских князей настолько, что в лице их могло быть усматриваемо историческое продолжение византийской императорской власти.
К тому же Константинополь, еще за несколько лет раньше падения империи, потерял свой религиозный авторитет в глазах русских, вследствие того, что византийский император, вместе с большинством восточной духовной иерархии, вступил в унию с латинянами на соборе во Флоренции.
Русский митрополит Исидор, бывший на этом соборе и оказавшийся одним из усерднейших борцов в пользу унии, был последним митрополитом, присланным на Русь из Византии.
Преемник его Иона был поставлен в 1448 г. в митрополиты собором русских епископов по воле вел. кн. Василия Васильевича Темного, и с того времени сделалось правилом не только не принимать митрополитов, которые могли бы быть присланы из Константинополя, но и не посылать туда для посвящения кандидатов на митрополию, избранных в Москве.
Впрочем, в грамоте, которая была послана из Москвы последнему императору Константину Палеологу в 1451 г. (незадолго до падения империи), говорилось, что московский князь приступил к избранию Ионы без предварительного сношения с императором “за великую нужду, а не кичением, ни дерзостью”, и что в Москве и на будущее время не отказываются писать патриарху обо всех делах и требовать от него благословения во всем.
Есть основание предполагать, что московская митрополия находилась некоторое время под отлучением константинопольского патриарха, и что только позднее патриарх должен был примириться с совершившимся фактом, тем более что патриарх, после падения империи, должен был обращаться в Москву за милостыней.
Однако, и в последующее время долго еще переживала мысль о независимости русской церкви от Константинополя. При переговорах об учреждении патриаршества в Москве в конце XVI в., конст. патриарх Иеремия первоначально находил возможным дать русской церкви не патриарха, а только автокефального архиепископа; следовательно, по византийским понятиям, русская церковь до самого учреждения в ней патриаршества не была автокефальной.
Но и позднее, во 2-й половине XVII в. восточные патриархи, приглашенные в Москву для суда над московским патриархом Никоном, с самого момента вступления их на русскую почву, действовали как высшая над русской церковью власть, принимая челобитные, творя суд и расправу, осуждая и наказывая. Даже Петр Великий не понимал автокефальности русской церкви в том неограниченном и безусловном смысле, в каком она понимается теперь.
Он обращался не к русской иерархии, а к конст. патриарху Иеремии с просьбой разрешить его лично, а также армию, на время заграничных походов, от обязательности соблюдения поста. От Иеремии же получено было разрешение присоединять лютеран и кальвинистов в православной церкви посредством миропомазания вместо крещения.